A Estação de Biologia Marítima da Inhaca nasce do interesse dos cientistas por um campo favorável para a investigação científica. Segundo o Prof Ario de Azevedo, é difícil precisar quando se iniciou a investigação científica na Inhaca mas sabe-se que em 1909 jornais europeus noticiavam sobre a existência de duas ilhas paradisíacas no Índico, referindo-se às ilhas da Inhaca e dos Portugueses devido a sua riqueza em biodiversidade. 

Desde 1921 que docentes e estudantes da Universidade de Witwatersrand (Wits) da Africa do Sul vêm à Inhaca. O Prof Van der Horst, zoólogo da Wits, fez prática de campo na Inhaca desde 1933 com seus estudantes. Nessas campanhas utilizaram tendas por falta de alojamento. Perante estes factos o Prof Doutor Aurélio Quintanilha apresentou em 1947 num congresso internacional da Sociedade de Estudos de Moçambique a necessidade de se construir uma Estação para assistir a investigação na Inhaca. Para reforçar a ideia do Prof Quintanilha o Prof Van der Horst propôs ao Governo Geral de Moçambique a comparticipação da Wits no processo nos seguintes moldes: “O Governo Português construiria os edifícios e forneceria algum mobiliário e a Wits oferecia aparelhagem científica e livros técnicos; sendo os seus docentes e estudantes autorizados a utilizar a Estação que alias estaria também disponíveis para outros cientistas”.

As construções foram executadas entre 1948-50 sob a orientação do Almirante João Moreira Rato e inauguradas em 1951, tendo a sua gestão, sido entregue ao Departamento Marítimo do Governo Geral de Moçambique. Em 1952 foi solicitada a criação de lugares de Director e encarregados da Estação mas apenas foi provido inicialmente o de encarregado, para o qual, foi em 1953 indicado José Joaquim Cravo. Em 1955 são construídas as duas residências vulgo 1 e 2 para Director e encarregado.

A 20 de Maio de 1963, respeitando o Decreto 2375/63 de 4 de Maio, a EBMI é entregue ao Instituto de Investigação Científica de Moçambique. Em 1965 são criadas as Reservas Florestais e Marinhas da Inhaca e são entregues a Estação de Biologia Marítima da Inhaca para gestão. Após a independência passou para a Universidade Eduardo Mondlane. Em 1976 foram demarcadas as Reservas Florestais. Entre 1982-83 é desenhado o plano estratégico da Inhaca e em 1989 são plantadas as casuarinas na  na Ponta Torres e em Ngomela na zona oriental.

Em 2008 foram introduzidas as taxas e tarifas no Arquipélago da Inhaca a luz do Decreto 27/2003 de 17 de Julho e em 2010 foi submetido e aprovado pelo Governo o Plano de Maneio do Arquipélago da Inhaca.