O arquipélago é muito rico em biodiversidade terrestre e marinha. A grande diversidade de organismos e a fragilidade dos ecossistemas do arquipélago foram os dois factores cruciais que determinaram o estabelecimento das Reservas Florestais e Marinhas nas duas ilhas (Ilha de Inhaca e Ilha dos Portugueses).       Mangal do saco da Inhaca     Moluscos colhidas na Inhaca     Aves: 600 espécies   Quadro resumo da biodiversidade no Arquipélago da Inhaca   Taxa Número de espécies Plantas terrestres 500 Plantas do mangal 6 Ervas marinhas 9 Corais 150 Mamíferos marinhos 7 Aves 300 Crustáceos 200 Peixes 600 Moluscos 115 Equinodermes 75 Mamíferos terrestres 13 Répteis 37 Insectos 800 Outros Por identificar   As Reservas Florestais e Marinhas são um dos sectores chaves para a pesquisa científica apesar de todos os constrangimentos tais como falta de pessoal qualificado, recursos financeiros e materiais assim como a sua conflituosa gestão.